药学部是集药事管理、药品供应、药品调剂、静脉药物配置、临床药学服务、药物/医疗器械临床试验，药学科研教学为一体的综合性管理和专业技术部门；是国家药物临床试验机构、国家医疗器械临床试验机构、北京市门头沟区药学质量质控和改进中心组长单位、北京市门头沟区食品药品安全企业协会组长单位等。
药学部三大职能为药品管理、药学服务和药事管理。药学部下设6个二级部门，包括临床药学室、药品采购部门、药事管理部门（药品调剂）、静脉配液中心、国家药物临床试验机构、医疗器械临床试验机构。药学部现有职工78人，其中药学技术人员49人，护理技术人员13人；硕士学位4人；主任药师1人，副主任药师2人，副主任护师1人，主管药师17人，主管护师8人，专职临床药师5名。
药学部配备自动化发药机、全自动摆药机，智能分拣机、麻精药品智能药柜、温湿度监控系统、ERP自动采购系统及PIVAS系统，全面保障全院药品供应和药品质量。为保障患者用药安全，自主研发了处方前置审核系统，不良反应监测系统，处方点评系统，患者用药指导系统和用药风险监测系统等。
药学部致力于智慧化药房建设，药品调剂部门引进智能化调配设备，优化取药流程，缩短等候时间，改善患者就医体验。静脉配液中心由经过培训的专业技术人员严格按照无菌操作要求，在洁净环境下对静脉用药药品进行集中配置，包括化疗药（包括门急诊）及肠外营养液的规范配置，覆盖全院各临床科室，确保药品质量和输液安全。
药学部积极推动以合理用药为核心的临床药学工作，临床药师覆盖抗感染、抗肿瘤、临床营养、心血管、疼痛、儿科等多专业，多维度提供全面及全程化药学服务，参与临床查房、疑难病例讨论、会诊及临床MDT等工作，为患者提供个体化药学监护、用药咨询和教育。另开设了咳喘、抗凝、糖尿病、老年心血管病、疼痛五个专业的医生-药师联合门诊，以药物治疗管理为服务核心，让患者享受全程化优质药学服务。
临床试验机构于2017年3月顺利通过国家局的资格认定。目前，机构已承接20余项临床试验，药物临床试验备案专业有呼吸内科、心血管内科、神经内科、内分泌科，医疗器械临床试验备案专业有呼吸内科、心血管内科、神经内科、内分泌科、消化肿瘤科、检验科，可承接药物临床试验Ⅱ期、Ⅲ期、Ⅳ期，医疗器械以及体外诊断试剂临床试验等。机构组织健全，具有完善的制度和标准操作规程，能够保证临床试验的质量。
药学部积极参与行业协会中各项交流及评选活动并获得荣誉：新华网举办的“互联网+合理用药科普”比赛全国二等奖，“互联网+患者用药服务全覆盖系统研发与应用”获2020年度北京市企业管理现代化创新成果一等奖等。
药学部具有较为完善的制度管理体系、绩效体系和文化管理体系。通过不断转变服务观念，拓展服务项目，充分发挥药学部的药品管理、药学服务和药事管理职能，全面保障患者用药安全。
